مجمع المدارس کا انتظامی ڈھانچہ دو حصوں پر مشتمل ہے :
(الف) مشاورتی و نظارتی
۱۔ مجلس شوریٰ
۲۔ مجلس عاملہ
۳۔ مجلس نظارت
۴۔ لیگل کمیٹی
(ب) اجرائی
۱۔ مدیریت اعلیٰ (ریاست)
۲۔ نظامت و انتظامی امور
۳۔ شعبہ تعلیم
۴۔ شعبہ تربیت
۵۔ شعبہ امتحانات
۶۔ شعبہ مالیات
۷۔ شعبہ تعلقات عامہ
۸۔شعبہ دفتر
۹۔شعبہ اجراءِاسناد
