مجمع المدارس کا انتظامی ڈھانچہ دو حصوں پر مشتمل ہے :

 (الف)   مشاورتی و نظارتی             

۱۔ مجلس شوریٰ

 ۲۔ مجلس عاملہ

۳۔  مجلس نظارت

۴۔ لیگل کمیٹی

(ب) اجرائی

۱۔  مدیریت اعلیٰ (ریاست)

۲۔ نظامت و انتظامی امور

۳۔ شعبہ تعلیم

 ۴۔ شعبہ تربیت

۵۔ شعبہ امتحانات

۶۔ شعبہ مالیات

 ۷۔ شعبہ تعلقات عامہ 

۸۔شعبہ دفتر

۹۔شعبہ اجراءِاسناد